Мешіттің кейде сырттай өзгерістерге ұшырағаны соншама, патшалардың сарайларымен бірдей болғанымен, іштей ешқашан өзінің негізін, яғни Құдайға құлшылық етіп, құлшылық білдіруге арналған пәк мекен екендігін жоғалтқан емес, жоғалтпайды да. 

Шын мәнінде мешіт – құбыла жаққа бағытталған, Құдайға ғибадат етуге, соның ішінде намаз оқуға арналған жердегі пәк мекен. Көп уақыттарда оның айналасы дуалмен қоршалады, бірақ кейде ешбір дуалмен қоршалмайды; кейде еденіне жібек кілемдер, кейбір кездері жұмсақ құм төселеді; кейде жердің осы бөлігіне дуалдары, күмбездері, азан шақырылатын жерлері бар үлкен ғимараттар, салынады, кейде мұның ешқайсы да болмайды. Бір қызығы, қарапайым жай мешіт те орасан мешіттердей пәк әрі қасиетті мекен саналады. 

Исламның ардақты пайғамбары хиджрат етіп, Медине қаласына енген соң алғашқы қадамында өзінің заңдылығын бекіту үшін үкімет пен басшылығының орталығы, халық сол жерді өздерінің ғибадат етіп, саяси, мәдени және әлеуметтік орталықтары санайтын мешіт салуға кірісті. Сол мешіт билеуші мен билікті қабылдайтын халық – осылардың екеуі де келетін, илаһи бұйрықтар жарияланып, тәлім-тәрбие берілетін мекен болды. Сол мешітте пайғамбар мен сахабалары жиналды. Алланың елшісі илаһи ахкамдарды махаббат және мейіріммен халыққа жетекшілік ету мен халықтың қоғамдағы бақыты үшін жүзеге асырды. Хазірет барлық ахкамдарды орындауда өзі алда болып, қоғамда іс жүзіндегі үлгі болуы үшін бұйрықтарды жүзеге асыруды алдымен өзінен бастады. Құдайдың елшісімен кездескісі келген адам мешітке баратын. Хазірет сол қасиетті мекенде сұрағандарын жеке түрде немесе сахабаларының бірі арқылы халыққа жариялайтын.      

Басқаша айтқанда, пайғамбардың мешіті – ән-Наби мешіті мұсылман қауымының  діни парыздарын орындайтын негізгі мекен болуымен қатар ислам дінінің әлемдік қозғалысының ғылыми, саяси және әлеуметтік жұмыстарының да орталығы саналды. Ислам үкіметінің принципті негіздері сол жерде қаланып, әлем халқына жарияланды.

Хазірет Мохаммад Медине аумағына енуінің алғашқы күндері Қоба деген жерде мешіт салуға кірісті. Осы мешіттің құрылысы туралы тарихи сенімді жазбаларда былай деп жазылған: «Алланың елшісі Қоба мекеніне енген кезде дүйсенбі күні болды. Қоба аймағы Мединенің айналасындағы ауа-райы жақсы мекендердің бірі саналды. Сол себепті Қобада құрма ағаштарының бақтары көп болды. Бұл аймақтың халқы Алланың елшісін бірінші қарсы алды. Ол хазірет Қоба мекеніне жеткен соң Әли мен өз отбасының тағы басқа мүшелері, соның ішінде қызы Фатеме-Заһра келіп жеткенше бірнеше күн сол жерде болды. Олар келіп жеткен соң барлығы сол кезде «Ясреб» деп аталған Медине жаққа бет алды.   

Алланың елшісі Қобада болған төрт күнде сол мекенде мешіттің құрылысын салуға бұйырды. Құрылыс барысында мешіттің айналасы кішкентай тастардан тұрғызылған  дуалмен ғана қоршалды. 

Осылайша, Қоба мешіті оны Алланың елшісі салған алғашқы мешіт болды. Хазірет Қоба мешітінде намаз оқу туралы: «Менің мешітім – Қоба мешітіне келіп, екі рекет намаз оқитын адам Умраның сауабымен қайтатын болады» деген. 

Алланың елшісі кейінірек Мединенің орталығында тұрақтаған соң апта сайын, кейде сенбі, кейде дүйсенбі күндері Қобаға келіп, сол мешітте намаз оқитын болған.    

Исламның ардақты пайғамбары жұма күні Қобада халықтың қуанышпен қарсы алуынан төрт күн өткен соң Мединеге келді. Адамдар тайпа-тайпа болып, пайғамбардан олармен бірге баруды өтінді. Кейде тіпті олар хазіреттің түйесінің бұйдасына да жармасты. Бірақ пайғамбар: «Түйе қай жерге шөксе, сол жер менің тұрағым болады» деді.  

Бұл істе екі жайт жасырын болды: біріншісі, ән-Наби мешіті салынған жер Алла тарапынан таңдалған жер болды, тіпті пайғамбардың қалауы да сол таңдауда рөл атқарған жоқ. Келесісі, бұл іс көбінесе бір-бірімен бақталасып жүретін тайпалардың арасында кез келген келіспеушілік үшін негіздің  жойылуына себеп болды.  

Пайғамбардың түйесі қазір хазіреттің мешіті орналасқан Бани Малек Бен Наджар деген жерге жетіп, тоқтайды. Осылайша, мекен анықталған соң пайғамбар ресми түрде мешіттің құрылысын салуға бұйрық береді. Мешіттің құрылысы мен оны ашу барысындағы маңызды жайт, ол ардақты пайғамбардың өзінің жеке түрде сол іске белсенді түрде қатысып, басқаларға қарағанда көбірек жұмыс істеуі болды. Сахабаларының жұмысты өздері істейтіндіктері, пайғамбардың демалу керектігін қайталап айтуының әсері болмады. Пайғамбар бұрынғысынша ісін жалғастырды. Бұл  хазіреттің сахабаларының өз жетекшілерінің соңынан шынайырақ әрі ынтамен еруіне себеп болды.

 

Ән-Наби мешіті құрылысының жобасы ерекше әрі бірегей жоба болды. Бұл мешітте басқа ғимараттар мен құрылыстарға ешқандай еліктеудің болмағаны, тіпті онда басқа діндердің ғибадатханаларының жобасының байқалмауымен қатар оның асылдығы мен ислам дінінің рухымен толық сәйкестігі анық болды.

Шәксіз, пайғамбардың Шам мен Мәуереннахрға жасаған сапарларына байланысты ол хазіреттің ойында сол кездегі шіркеулер мен синагогалардың формасы туралы жалпы жобалар болды. Бірақ хазірет мешіттің құрылысында сол жобалардың ешқайсын қолданбаған.  

Мешіттің дуалдарын бір метр биіктікке дейін таспен, оның қалған бөлігін шикі кірпішпен, төбесін құрма ағашының бұтақтарымен жапты. Бұл өте қарапайым салынған мешіт болды. Рауаятта Алланың елшісінен мешіттің құрылысының сапасы мен жай-жапсарын сұрағанда хазірет: «Менің мешітім хазірет Мұсаның жаппасы сынды» деп, оның қарапайымдылығының себебін адамның қысқа ғұмыры деп атап: «Ажал мен өлім адамдарға өте жылдам жетеді» дегені айтылған.    

Сол кезеңде мешіттің бір бөлігі кедейлерге тұру үшін берілді. Ол кедейлердің көбі Мединеге хиджраттан кейін өздерінің үйлері мен мал-мүліктерін жоғалтқан немесе тастап кеткен, кедейшілікті қабылдап, ғибадат пен тәлім-тәрбиеге және джиһадқа бет бұрған мұхажерлер болды.   

Олар біраз уақыттан кейін «Асхабе Суфa» деп танымал болды. Мешіттің құрылысымен бір мезгілде салынған құрылыстардың қатарында Алланың елшісінің құжырасы болды. Кейін жағдайлары болған басқа сахабалары да мешіттің жанынан үй салып, мешітке қаратып есіктерін ашып, намаз уақытында сол есіктен кіріп жүрді. Хиджраттың үшінші жылы пайғамбар Әли Бен Абиталептің есігінен басқа есіктерді жабуға бұйырды. 

Пайғамбардан кейін, ислам дінінің кеңейіп, мұсылмандардың санының артуымен ән-Наби мешітінде кеңістік азайған соң халифалар оны кеңейтуді көздеді. Кеңейту жұмыстары бірнеше кезеңде орындалып, Аббаси үкіметі кезеңінің соңына дейін жалғасып, ән-Наби мешіті  9000 шаршы метрге кеңейтілді. Осман билеушілері тұсында ән-Наби мешіті бірнеше рет жөндеуден өткізіліп, кеңейтілді. Бірақ күрделі жөндеу хижри қамари жыл санағы бойынша 1265 жылы сұлтан Абдул Хамидтің кезінде басталып, 13 жылға созылды. Бүгінде ән-Наби мешітіндегі жазбалардан көзге түсетін пайғамбар әулеті мен пәк имамдар және халифалар мен кейбір сахабалардың есімдері – Осман билеушілері кезеңінен қалған жәдігерлер. Осындай есімдердің бірі «Мохаммад Маһди» деп жазылған «имам Заманның» есімі. Бұл есім өткен уақыттарда оның ішінен «тірі» деген мағынада көрінетіндей жазылған болатын. Бірақ қазір жазуға өзгеріс енгізілгеннен  кейін ол сөз қашалып алынған.   

Ән-Наби мешіті Сауд билеушілері тұсында да бірнеше кезеңде кеңейтіліп, жөндеуден өткізілді. Медине Ән-Наби мешітінің берекесінің арқасында төтенше құрметке ие болды. Сол құрметке әлі де ие. Себебі Алланың елшісі: «Хазірет Ибраһим Меккені қасиетті қалаға айналдырып, халқы үшін дұға тіледі. Мен де Мединені қауіпсіз кесенеге айналдырдым» деген болатын.