Имам Хомейни Иракта қуғында болған кезінде БААС режиміне қарсыласып, бұл диктаторлық режимнің Иранның билеуші ​​режимімен келіспеушіліктерін ұлттық мүдделерге нұқсан келтіруге пайдалануға рұқсат бермеді. Бұл дәуірде Ирак БААС режимінің өкілдерімен жүректерінде ашкөздік тудыратын кез келген байланыс пен байланыс орнатуға тыйым салынады.

1975 жылы Алжир келісіміне қол қойылуымен Иран мен Ирактың қарым-қатынасы жақсарып, сол келісімнің ережелеріне сүйене отырып, Иракты билеуші ​​БААС режимі имам Хомейниден шах режиміне қарсы саяси әрекеттерін тоқтатуды сұрады.

Ирактың БААС режимі имам Хомейнидің күші мен қарсылығын сындыру және оның Иран халқы мен Ирак шиіттері арасындағы ұстанымын теріс пайдалану үшін әртүрлі мәселелерді сылтау етіп имамға психологиялық және эмоционалдық қысым көрсетуге тырысты. әсіресе ұлын тұтқындау жоспары, яғни өзі дана әрі білімді ғалым қажы .

Қажы Мұстафа марқұм Хакім Бағдадтан оралғаннан кейін оны зиярат етіп, оны жұбатты.Осыған байланысты қауіпсіздік ұйымының басшысы мен Наджаф губернаторы имамға келіп, революциялық қолбасшылық кеңесінің миссиясы бар екенін айтты. Мұстафаны Бағдадқа жіберді, олар сенен осы миссияны орындауға рұқсат сұрайды. Имам егер оны Бағдатқа жіберу менің рұқсатыма байланысты болса, мен ешқашан ондай рұқсат бермеймін, егер сіз оны тартуға жауапты болсаңыз, онда сіз білесіз деп жауап берді. Қажы аға Мұстафа Ирактың бірнеше қауіпсіздік қызметкерлерімен бірге таңғы сағат 8-де Бағдадқа жіберілгенде, имам күнделікті кестеге сәйкес сағат басында және оның қайғысы, эмоциясы мен уайымы арасында жиналысқа келді. аудиторияға сабырлы әрі сенімді болды.Ол күрделі ғылыми және фиқһи мәселелерді үйретіп, әдеттегідей намазы мен кездесу кестесін және басқа да күнделікті тәртіптерін ұстанды».

Имам БААС режимінің оппортунистік әрекеттері мен психологиялық соғысына табандылық пен абыроймен қарап қана қоймай, кейбір әрекеттер жасау арқылы БААС режимінің қоғамдық пікірдегі, әсіресе шиіттер арасындағы үстемдігін бұзып, Ирак жауынгерлеріне мотивация мен батылдық берді.

Дуаи имамның қорқыныш атмосферасын тудырғанына және осы режимнің екіжүзділігіне реакция білдіргенін және БААС режим әшкерелгенін көрсеткен оқиғаны айтып берді.  "Марқұм Хаким мырза БААС-шыларға қарсы болғаны үшін әділетсіз қайтыс болды. Ол қайтыс болғаннан кейін Ирак үкіметі шиіттер арасында беделге ие болуға және өткеннің орнын толтыруға тырысты.  Сондықтан Ирактың сол кездегі президенті Хасан әл-Бәкір Хаким мырзаны жерлеу рәсіміне қатысып, Кербала облысының үкімет өкілдері Құран оқу отырысқа қатысуға шешім қабылдады. Олар имам өткізген жиынға қатысты.  Имам мәжіліс иесі ретінде есік алдында отырып, келген тұлғаларды құрметтеп жатқанда, билік өкілдері де келді. Адамдардың барлығы имамның оларға деген реакциясын күтті. Олар отырған кезде имам қозғалмағандықтан, әкім имаммен еңкейіп қол алысуға мәжбүр болды.

Ирактық дәрігер, доктор Сахиб Хаким осы имамның әдісі туралы бір естелікті еске алады: «Бір түнде имам әдеттегідей әр түнде хазірет Әли (ғ.с.)-ның қасиетті жерін зиярат ету үшін үйінен шыққанда, Ирак қауіпсіздік қызметкерінің бірі жақындап, имамнан оның төлқұжатын және тұру картасын сұрады. Имам одан бет бұрып,  адамдар дереу оның жанына жиналды. Жақын маңдағы саудагерлер дүкендерін тастап, жалдамалыға сөгіс айтып, имамға қарай жүгірді. Бұл оқиға сәрсенбі күні болғандықтан, имам сол оқиғаны халықтың санасында сақтап,  имам біраз уақытқа дейін сәрсенбі күні Әли (ғ.с.) зияратына келмеді.

Имам Хомейни жеке тәуелсіздік пен күш-қуатпен қатар, Ирактағы билеуші ​​БААС режимінің наразылықтары мен қоқан-лоққыларына қарсы Наджаф семинариясының тәуелсіздігі мен күшін сақтап, нығайтуға тырысты. Ол режимнің семинарияға үстемдік ету жоспарына қарсы тұрып, Наджафтағы басқа биліктермен ынтымақтаса отырып, бұл жоспарды абайлап бұзды. Сейед Хамид Рухани бұл тұрғыда былай деп жазды: «Ирак режимі Наджафтың діни қызметкерлеріне, егер олар режиммен ымыраға келіп, достыққа барса,  бұл оқу орын   тұрақты болып қалады, әйтпесе  ыдырайтынына сендіргісі келді. Олар діни ғылымдар шәкірттерінің келетін күнін, олардың оқу ұзақтығын және қалай оқитынын нақтылау жоспарын ұсынған болатын. Баас режимі діни орталықтардың әлсіремейтініне уәде берді.  Имам бұл ұсынысты үзілді-кесілді қабылдамады және оны ирактық баасшылардың ғалымдар мен діни қызметкерлердің тәуелсіздігін алып, Наджафты өз бақылауына алу үшін жасаған қастандығы деп санады».